Лигдэн 1604 онд өвөг эцэг Буян Сэцэн хааныг залгамжлан хаан ширээнд суужээ. Тэрээр биеэ даах хандлагатай байсан Монголын аймаг ханлигуудыг нэгтгэн, их хааны төвлөрсөн засаглалыг бэхжүүлэхийг оролдож байв. Гэвч ихэнх хаад ноёд түүний энэ бодлогыг дэмжихгүй байсан тул тэдгээрийг хүчээр нэгтгэхээс өөр аргагүй байдалд хүрчээ. Их хаанаас салан тусгаарлах үйл явцад шинээр хүчирхэгжин мандсан Хожуу Алтан улс хүчтэй нөлөө үзүүлж байв. Тиймээс Лигдэн 1618 онд Хожуу Алтан улсын эсрэг Мин улстай холбоо тогтоов. Ингэснээр Мин улс Лигдэнд жил бүр олон мянган лан мөнгө шагнал болгон өгч, хойд хилээ хамгаалуулах болжээ. Гэвч Лигдэн хаан Мин улсыг улам шахамдуулахын тулд 1619 онд Мин улсын Гуаннин хотыг эзлэв. 

1620-оод оны эхэн болоход Лигдэний захиргаанд дургүйцсэн монголын ноёд тайж нар Хожуу Алтан улсад дагаар орох болов. 1621-1623 онд Өвөр Халхын зарим ноён Хожуу Алтан улсад дагаар оржээ. Хорчины ноён Ууба 1624 онд Хожуу Алтан улстай харилцан туслалцах гэрээ байгуулсан нь Лигдэний эсрэг чиглэж байжээ. Тиймээс 1625 онд Лигдэн хаан Ууба-г довтлов. Улмаар 1627-1628 онд Харчин, Түмэд, Ордос зэрэг баруун түмнийг довтолж, эрхэндээ оруулжээ. Гэвч Өмнөд Монголын ноёд Манжид дагах нь улам бүр нэмэгджээ. 

Үүнийг таслан зогсоох, урвагчдыг цээрлүүлэх зорилгоор Лигдэн 1631 онд Хянганы нурууг давж, Ар Хорчиныг довтлов. 1632 онд Хожуу Алтан улсын Хунтайж үлэмжхэн цэрэг авч Цахарын нутагт цөмрөн орж ирсэнд Лигдэн албат ардаа авч Хөх хотоор дайрч, Шар мөрнийг гатлан, Ордост очихоор хөдөлжээ. Ордос дахь Чингис хааны онгоны өмнө их ёслол хийж өөрийгөө бүх Монголын хаан гэж тунхаглажээ. Лигдэн цааш Хөх нуурын зүг явах замдаа Шар тал гэдэг газарт 1634 онд цэцэг өвчнөөр нас баржээ. Энэ үед Ар Халхын Цогт хунтайж Лигдэнийг дэмжиж, түүнтэй хүчээ нэгтгэхээр Хөх нуурыг зорьсон боловч  тэнд хүрэхэд нь Лигдэн хаан хэдүйн нас барчихсан байв.  

Лигдэн Монголын улс төрийн төв-нийслэл хот байгуулах, бурхны шашныг дэлгэрүүлэх, ном судар орчуулах ажлыг идэвхтэй явуулж байв. Тэрээр 1617 онд томоохон сүм, дуган бүхий Очирт Цагаан хотыг байгуулжээ. Лигдэний зарлигаар 1628-1629 онд “Ганжуур”-ыг орчуулжээ. 1618 онд Лигдэн Далай ламын Монгол дахь төлөөлөгч Майдар хутагтаас номын авшиг хүртэж, улмаар түүнийг Очирт Цагаан хотдоо залжээ. Түүнээс гадна 1618 онд улаан малгайтны урсгалын Шаравданзан хутагт Юань улсын шүтээн байсан Гүр Махагала бурхныг залж ирсэнд Лигдэн тэрхүү хутагтыг Очирт Цагаан хотод хүндлэн залжээ. Ийнхүү эхэндээ Лигдэн хаан Түвэдийн бурхны шашны улаан, шар урсгалын аль алийг дэлгэрүүлж байсан хэдий ч яваандаа шар малгайтны урсгалд дайсагнах болсон гэж үздэг. (Ц.Цэрэндорж)